Dal punto di vista geologico, lo Yucatan è di fatto una grande zolla calcarea; in superficie non ci sono fiumi. Le acque penetrano il terreno e si concentrano di tanto in tanto in particolari pozze naturali solitamente aperte sulla verticale a cielo aperto: i cenotes, appunto. Il lento fluire delle acque, goccia a goccia, dall'alto, forma spesso delle stalattiti appese al soffitto.
