I frati Francescani sono arrivati in Perù col conquistador Pizarro e hanno partecipato alla costruzione della città. La chiesa, come tutta la città, ha subìto i vari terremoti ed è stata più volte ricostruita e restaurata con stili diversi. Bei chiostri, giardini molto curati, splendidi soffitti in legno scolpito, pareti di azulejos, molti dipinti sulla vita di San Francesco d'Assisi.
